En el 2007 se emitió a la Cofradía de la Santa Cruz de Callos de Segura, un informe del estado de conservación del Cristo Crucificado en la Agonía. Su estado era  muy preocupante  principalmente por el desprendimiento de la policromía, estaba a punto de perderse su totalidad, cuya causa se intuyó en un principio, a la humedad, provocada por las flores que decoran los tronos en semana santa, pero al llevar una micro muestra a analizar  el recubrimiento, nos comunicaron desde los laboratorios Artelab que se trataba de una alteracióna a causa de un barniz de poliuretano añadido en una intervención anterior.
Desde ese mismo momento se puso en marcha de un proyecto de restauración donde iban a primar los trabajos de consolidación de la capa pictórica así como la eliminación del barniz.
Este proyecto se realizó en dos fases, la primera desde de abril de 2009 hasta septiembre de 2009 y la segunda fase desde octubre a febrero de 2010.

En la primera fase, se realizaron los importantísimos estudios previos y la consolidación de emergencia.
En los estudios previos se incluye la analítica y la documentación gráfica y fotográfica de la imagen, se realizaron sendos documentos con fotos con luz ultravioleta, se estudiaron que materiales y de qué métodos de actuación eran los más adecuados y que garantías nos daban. Además se realizaron probetas para garantizarnos una actuación segura. Se procedió a la consolidación puntual de las zonas alteradas, utilización de adhesivo termo plástico aplicado en caliente y realizando presión con plancha térmica.

En la segunda fase, se procedió a la limpieza de suciedad, de barniz y de repintes. Aplicación de capa de intervención, estucado con cola animal y carbonato cálcico y reintegración cromática, aplicada a modo diferenciador mediante un rallado visible, así como la posterior protección final. También se reemplazaron las pestañas, puesto que se encontraban en muy mal estado y así como la corona por estar fragmentada las ramas de Acacia de África en varios trozos irrecuperables. Se ha restituido por ramas secas de Jinjolero  realizadas a medida.